Pondok Pesantren Al-Furqon Muhammadiyah Cibiuk didirikan pada tahun 1964 di Kampung Nagrak, Cibiuk Kidul, bersamaan dengan peresmian Ranting Muhammadiyah Cibiuk. Awalnya, sistem pengajaran bersifat tradisional, di mana santri belajar mengaji di pondok lalu pulang ke rumah masing-masing (dikenal sebagai “santri kalong”).
Karena jumlah santri yang terus bertambah, sebuah asrama kecil dibangun pada tahun 1971 atas dukungan masyarakat. Ide pendirian pesantren ini digagas oleh KH. Aceng Kosasih, seorang tokoh ulama kharismatik lulusan berbagai pesantren di Jawa Barat. Di bawah kepemimpinannya, Al-Furqon dikenal unggul dalam pengajaran ilmu keagamaan, terutama pembacaan kitab kuning. Pada tahun 1982, pesantren ini sempat menjadi yayasan sebelum akhirnya statusnya diwakafkan kepada Pimpinan Cabang Muhammadiyah Cibiuk.
Seiring perkembangannya, Al-Furqon yang terkenal dengan pengajaran tata bahasa Arab dan ilmu akidah, menghadapi tantangan baru. Pertambahan santri membuat interaksi dengan masyarakat sekitar semakin intensif dan lahan menjadi terbatas, sehingga lingkungan dianggap kurang kondusif untuk belajar. Hal ini memicu gagasan untuk memindahkan pesantren ke lokasi yang lebih strategis.
Proses perpindahan dimulai pada tahun 1992 dengan pembangunan Masjid Al-Muhajirin di sebuah area persawahan yang terpencil. Pada tahun 1994, Pondok Pesantren Al-Furqon resmi berpindah sepenuhnya ke lokasi baru ini, yang kemudian diberi nama Kampung Pulo Baru. Periode ini juga diwarnai transisi kepemimpinan setelah wafatnya tokoh penting H. Sarbini (1999) dan sang pendiri, KH. Aceng Kosasih (2004). Kepemimpinan dilanjutkan oleh menantu beliau, Muhammad Yunus, hingga kemudian diserahkan kepada putra KH. Aceng Kosasih, Ust. Yanto Asyatibi, pada tahun 2007.
Era modern Al-Furqon dimulai dengan mengadopsi format Boarding School pada tahun 2000, terinspirasi dari Pondok Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Garut. Di bawah kepemimpinan Ust. Yanto Asyatibi, langkah besar diambil dengan mendirikan SMP Muhammadiyah Plus Cibiuk pada tahun 2007.
Pada tahun 2013, SMP tersebut bertransformasi menjadi Boarding School penuh, yang memungkinkan integrasi kurikulum nasional dengan pendidikan agama secara intensif. Setahun kemudian, pada 2014, SMA Muhammadiyah Plus Cibiuk mengikuti format yang sama, dengan tambahan program Tahfidzul Quran sebagai salah satu disiplin ilmu unggulan. Kurikulum Al-Furqon dirancang untuk menyeimbangkan penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) dengan iman dan takwa (IMTAQ), berlandaskan nilai-nilai Muhammadiyah. Selain itu, beragam kegiatan ekstrakurikuler seperti Muhadatsah (percakapan bahasa Arab), Hizbul Wathan, dan kesenian turut dikembangkan untuk membentuk santri yang berdaya saing. Visi pesantren untuk mencetak kader berwatak “SANG JUARA” (Sanggup, Jujur, Unggul, Amanah, Rajin, Aktif) terus diwujudkan melalui berbagai prestasi akademik dan non-akademik yang diraih para santrinya.